При изменении юридической квалификации сделок и (или) налогового статуса налогоплательщика, например, с УСН или с ЕНВД на общий режим налогообложения, налоговики всегда считают НДС «сверху» фактически полученной налогоплательщиком выручки, применяя налоговую ставку НДС 18% (10%). 
При этом налоговики совершенно не учитывают особый характер (особый порядок рассмотрения) налоговых споров, основанных на переквалификации сделок, и тем самым нарушают права налогоплательщиков, предусмотренные Налоговым кодексом. Так- же они утверждают, что якобы не вправе использовать так называемый расчётный метод исчисления НДС изнутри суммы переквалифицируемых сделок в силу того, что применение расчётного метода исчисления НДС имеет ограниченный порядок использования, описанный только в п. 4 ст. 164 НК РФ. 
Оказывается, п. 4 ст. 164 НК РФ трактуется ими неверно, и применение расчётной ставки НДС при налоговой переквалификации не только возможно, но и обязательно. 
Как с этим бороться? Какой аргументацией пользоваться? Об этом расскажет читателям генеральный директор ООО «Аудиторская фирма «БЭНЦ», аудитор, профессиональный бухгалтер и налоговый консультант Некрасов Николай Васильевич.
Речь идёт о неправильном истолковании не только положений НК РФ, регулирующих порядок исчисления и уплаты того налога, который пересчитан (исчислен) налоговиками в результате переквалификации, но и одного
из основополагающих принципов всего налогового законодательства РФ, в частности, необходимости учёта при установлении налогообложения фактической способности налогоплательщика к уплате налогов и соблюдения принципа равенства положений налогового законодательства для всех сторон этого процесса — и для налогоплательщиков, и для налоговых органов (см. п. 1 ст. 3 НК РФ). Обращаем внимание на слова «при установлении налогообложения». Дело в том, что при проведении налоговой переквалификации речь идёт именно об установлении того, какие налоги надо было платить в переквалифицируемых условиях сделок, ибо раньше их налогоплательщик не платил в силу того, что применял иной режим налогообложения. 
На наш взгляд, ключевым аспектом ошибочности позиции налоговых органов при налоговой
переквалификации является то, что они не учитывают особый характер налогового спора, основанного на переквалификации сделок налогоплательщика, совершённых им в проверяемый налоговый период, например, в виде изменения налоговым органом применяемого налогоплательщиком налогового режима с ЕНВД на общий режим налогообложения.
А любые споры по переквалификации в налоговом законодательстве РФ имеют особый порядок их рассмотрения, т. к. переквалификация — это перевод сделок в новый юридический формат задним числом. Именно в силу особого статуса переквалификации в тексте НК РФ и содержится подпункт 3 пункта 2 статьи 45 НК РФ, который гласит, что взыскание налога и с организаций, и с индивидуальных предпринимателей в случаях переквалификации налоговым органом их деятельности происходит уже не в обычном бесспорном порядке, а только через суд. Это обстоятельство прямо говорит о необходимости соблюдения особого порядка для разрешения споров по теме переквалификации сделок.  
На наш взгляд, особый порядок споров по переквалификации состоит как раз в том, что в момент спора стороны должны понимать, что все сделки налогоплательщиком уже совершены и изменить в них задним числом ничего нельзя. Факт уже свершён.
Но, на наш взгляд, в случаях переквалификации сделок необходимо смотреть на ситуацию не с позиции, что налогоплательщик фактически сделал что-то не так, 
а с позиции, которая является единственно верной в данном случае: как налогоплательщик мог бы поступить (должен был поступить) исходя из иных условий, исходя из условий переквалификации. При этом, что очень важно, не меняя фактических масштабов совершённых налогоплательщиком сделок, то есть не меняя размера фактически полученной выручки. Ведь никого же не удивляет, что при переквалификации нельзя изменить количество фактически проданных тонн или литров товара по переквалифицируемой сделке, значит, точно так же никого не должно удивлять, что неизменной должна остаться и выручка по переквалифицируемой сделке.
То есть налоговый орган при проведении им переквалификации должен рассматривать те же сделки, которые уже совершены налогоплательщиком, причём, что очень важно, в том же объёме (по фактически полученной налогоплательщиком выручке), но совершаемые как бы в новых переквалифицированных условиях. 
Необходимо оценить, как эти сделки были бы оформлены налогоплательщиком в переквалифицируемых условиях — как он должен был их оформить в переквалифицированных условиях. И при этом очень важно при исчислении доначисленных налогов не переступить грань необходимости учёта физической возможности налогоплательщика к уплате этих налогов, являющуюся одной из основополагающих в Налоговом кодексе РФ (см. п. 1 ст. 3 НК РФ). 
В реальной жизни, к сожалению, очень часто происходит иначе, так как налоговый орган исчисляет налогоплательщику НДС сверх фактически полученной им выручки, тем самым искусственно увеличивает размер выручки, следовательно, превышает физическую возможность этого налогоплательщика к уплате косвенного налога НДС. А НДС по его экономической сущности является именно косвенным налогом, то есть он является обычной надбавкой к цене товара и поэтому самым естественным образом всегда является частью выручки продавца. Если НДС есть, он всегда содержится в выручке. Следовательно, налогоплательщик физически не может уплатить НДС в повышенном размере, который он не получил (не мог получить в условиях переквалификации) в своей фактической выручке.  
Кроме того, именно в нарушениях этого особого подхода к спорам по переквалификации, на наш взгляд, и состоит нарушение налоговым органом, а зачастую и судом, принципа равенства всех перед законом. Особенно при переквалификации.
Потому что неправомерен подход, при котором налоговому органу позволяется смотреть на переквалифицируемые сделки с позиции того, что налогоплательщик не сделал в проверяемом периоде, причём, и это очень важно, что сам налоговый орган оценивает ситуацию с точки зрения уже переквалифицированной сделки, то есть так, как надо было её оформить, уже зная о переквалификации.
А налогоплательщику такой подход почему-то не позволяется. Не позволяется смотреть на переквалифицируемые сделки с позиции того, что налогоплательщик мог бы сделать в тех условиях или как сделал бы обязательно в тех условиях, тоже глядя на ситуацию с точки зрения уже переквалифицированной налоговым органом сделки.
Нет. Налоговики, а зачастую и суд считают иначе: поскольку налогоплательщик в проверяемом периоде этого не сделал, то сейчас уже сделать не вправе. Поздно, мол. Но почему? Это же неправильно. 
Напомним, что речь идёт именно о переквалификации, а не о банальном занижении налоговой базы налогоплательщиком НДС, который изначально знал, что он является плательщиком НДС. На наш взгляд, налоговая переквалификация сделок обязывает все стороны этого процесса смотреть на ситуацию с позиции именно новой квалификации сделки, то есть так, как будто она ещё не совершена и её ещё только предстоит совершить. Это очень-очень важно. На переквалифицируемую ситуацию необходимо смотреть глазами того, как были бы правильно совершены эти сделки, если бы эти сделки уже тогда квалифицировались так, как налоговый орган квалифицирует их сегодня. Только такой подход будет действительно верным в таких спорах и позволит установить именно тот размер налогов, которые налогоплательщик заплатил бы в бюджет, если бы уже тогда работал в условиях переквалификации.